Amateur de BD, d'animation, passionné par le story-board, Warhol et Raphael qu'il étudie à l'université, Katsuhito Ishii démarre sa carrière professionnelle en 1992 dans la publicité où il sera plusieurs fois récompensé. En 1996, il tourne son premier court-métrage de fiction, The Promise of August, Grand Prix du festival de Yubari. Avec son complice, l'acteur Tanadobu Asano, il réalise en 1998 son premier long métrage, Shark Skin Man and Peach Hip Girl, adapté du manga culte de Minetaro Mochizuki. Stylisé et graphique, poseur et branché, influencé par le manga et proche de Tarantino, le film fait son effet. En 2000, Ishii tourne Party 7, une autre adaptation de manga à l'humour noir ou burlesque sinon loufoque, bourré de décalages, de non-sens, avec un style dynamique et ultra découpé. Entre 2001 et 2003, il travaille comme scénariste sur Frog River, une comédie de Hajime Ishimine, et à la création d'une série animé en 3D, Hal and bons, puis d'une autre en 2D, Trava : Fist planet. Après d'autres projets commerciaux ou télé, il travaille avec la société d'animation IG sur le segment animé de Kill Bill : volume 1 (2003) en tant que character designer et storyboarder. En 2004, il présente à Cannes son troisième long-métrage qui fait sensation, The Taste of tea (Le goût du thé), influencé par L'homme qui dort de Kohei Oguri dont Ishii est finalement la version pop. Plusieurs fois récompensé, le film fait mieux connaître le nom du cinéaste à l'étranger. On le retrouve enfin au générique du film à sketch Nice no mori (2005), avec Hajime Ishimine et Shunichiro Miki, pour un résultat souvent jugé mitigé.