Après trois années passées au Conservatoire National Supérieur d'Art Dramatique de Paris où elle fut élève de Madeleine Marion, Stuart Seide et Piotr Fomenko, Julie Borchen fonde sa propre compagnie, les compagnons de jeu, en 1993. Parallèlement, elle suit, de 1990 à 1994, le cours de maîtrise du Théâtre de Moscou sur le théâtre de Anton Tchekhov dirigé par Anastasia Vertinskaia et Alexandre Kaliaguine qui la dirigeront dans Tchekhov Acte III (Oncle Vania, Les Trois Soeurs et La Cerisaie) . Comme comédienne, elle débute dès 1988 avec Le Faiseur de Théâtre de Thomas Bernhard mis en scène par Jean-Pierre Vincent qui la dirigera de nouveau dans L'Échange de Paul Claudel. Elle poursuit avec Faust de Fernando Pessoa mis en scène par Aurélien Recoing ; Comment Faire Vivre Le Dit de Stuart Seide qu'elle retrouvera lorsqu'il montera Le Régisseur de la Chrétienté de Sébastien Barry. Elle joue aussi dans La Dispute de Marivaux mis en scène par Dominique Pitoiset, dans La Rue du Château mis en scène par Michel Didym d'après les conférences des surréalistes sur la sexualité, et participe au projet de Mathilde Monnier, Chapitre un. Elle signe sa première mise en scène, en 1994 : c'est La Cagnotte d'Eugène Labiche et Alfred Delacour est présentée au Théâtre de la Tempête à Paris. Elle monte ensuite Penthésilée d'Heinrich von Kleist, puis Naissances nouveaux mondes, courtes pièces des auteurs contemporains Rodrigo Garcia et Roland Fichet et enfin, Le Décaméron des Femmes de Julia Voznesenskaya. En 2000 aux côtés d'Hanna Shygulla, elle collabore à la mise en scène de Brecht, ici et maintenant. Directrice du Théâtre de l'Aquarium depuis 2002, elle monte, en 2003, Oncle Vania puis Le Cadavre Vivant de Léon Tolstoï afin de construire un diptyque des deux spectacles. En 2005, elle reprend Oncle Vania de Tchekhov ainsi que le rôle d'Eléna, qui avait été tenu par Jeanne Balibar. La même année, elle crée Je ris de me voir si belle ou solos au pluriel de Charles Gounod et Franck Krawczyk puis Hanjo de Yukio Mishima. En 2001, elle monte son premier opéra, Die Lustigen Nibelungen d'Oscar Straus. Dès l'année suivante, elle persévère dans cette voie en signant la mis en scène de La Petite Renarde Rusée, opéra de Léos Janaceck créé au Festival d'Aix en Provence. C'est dans le cadre du même festival, qu'en 2006, elle donne une version controversée (notamment en raison de la prestation vocale de son interprète fétiche, Jeanne Balibar) de La Périchole d'Offenbach.
