Il passe par l'IDHEC. De 1962 à 1968, il travaille à l'ORTF. À la suite de quoi il réalise deux longs métrages, le Joueur de quilles (1968) et la Fin des Pyrénées (1971), et quatre courts métrages. Proche de tout un courant moderniste dans le 7 art indépendant français des années 60 qui réunit des gens comme Philippe Garrel, Patrick Deval, Jackie Raynal, etc., Jean-Pierre Lajournade pratique un cinéma déconstruit quant à la forme et violemment anti-institutionnel sur le fond. Son court métrage Droit d'asile (1969) est interdit quelque temps par la censure. Le Joueur de quilles et Cinéma, cinéma (1968) interrogent les modes de représentation mêmes du film. Pour sa dernière création, la Fin des Pyrénées, l'auteur bénéficie d'un budget plus important que par le passé, ce qui n'empêche par l'uvre d'être un véritable manifeste de désespoir et de nihilisme.
