Ce peintre reconnu réalise son premier court métrage, Enquête sur un corps (1959), en prise de vues réelles. En 1960, il aborde, avec Foules, l'animation : par l'utilisation de matériaux divers comme des photographies et des poudres animées, il traite le thème qu'évoque le titre. Il emploie le même principe dans Prison (1962). De Noir et Blanc (1961) au Socrate (1968), le Service de la recherche de l'ORTF produit ou coproduit la quasi-totalité des bandes de Lapoujade, ce qui permet à l'auteur de ne pas se soucier de rentabilité. Artisan de grand talent, il revendique pour le cinéma la même liberté expressive que celle dont jouit la peinture. Il fait appel à des techniques très variées dans ses uvres : le mélange de photographies, d'éléments découpés et de poudres animées (Noir et Blanc), auquel s'ajoutent le dessin et le grattage de pellicule (Vélodrame, 1963). Il conçoit Trois Portraits d'un oiseau qui n'existe pas (1963), Mise à nu (1965) et l'Ombre de la pomme (1967), en peignant directement sous la caméra et en modifiant sa composition image par image. Pour créer avec des acteurs un univers totalement contrôlé, synthétique, le cinéaste alterne les prises de vues réelles, la pixillation et divers trucages dans deux longs métrages : le Socrate et le Sourire vertical (1971-1973). Le premier se présente comme une fable philosophique, le second est une réflexion subjective sur l'Histoire. Un comédien sans paradoxe (1975) est une animation de marionnettes, qui témoigne d'un grand soin dans les détails. En 1977, Lapoujade entreprend les Mémoires de Don Quichotte, comédie musicale ambitieuse de long métrage en animation, interprétée par 110 marionnettes. Faute de moyens suffisants, la production s'arrête en 1981. Lapoujade signe aussi quelques documentaires : Prassinos : l'image et le moment (1963) ; Portraits parallèles : Jean Paulhan (CORÉ : Yannick Bellon, 1965). L'artiste développe une philosophie utopiste et libertaire à travers ses uvres. Il est également l'auteur de deux essais : le Mal à voir (1950) et les Mécanismes de fascination (1955) et d'un roman (l'Inadmissible, 1970).
